【保管場所使用承諾証明書】保管場所使用承諾証明書に押印されていないのですが大丈夫ですか

はい、大丈夫です。

保管場所使用承諾証明書は、押印不要の書類として取り扱っています。
そのため、押印がなくても正式な書類として有効です。
警察署への提出時も、プリントアウトした書類で問題ありません。